Le nom de Seloncourt apparut pour la première fois en 1170 dans un acte de donation d'un Meix (maison) faite par Valner et Damjustin à l'abbaye de Belchamp, mais certainement qu'il existait bien avant cette date. Au XIIème siècle, des seigneurs portèrent son nom : Raimbaud de Seloncourt fut témoin à cette époque d'une charte de libération en faveur de la même abbaye et Pernat de Seloncourt y vivait en 1318.

La ville de Seloncourt fit partie du Comté de Montbéliard depuis la création de ce fief. Il en fut distrait en 1282, pour entrer, à sa constitution, dans la Seigneurie de Blamont jusqu'à la réintégration de cette Seigneurie au Comté de Montbéliard et enfin dans le Canton d'Hérimoncourt créé par décret daté du 12 mai 1898.